Cerkev sv. Nikolaja je bila omenjena že leta 1334. Ker je zaradi turškega vpada leta 1578 zgorela, so zgradili novo, vendar je tudi ta leta 1705 zgorela, skupaj s celotnim mestom, župniščem in arhivom.

Na razvalinah so zgradili novo cerkev v baročnem slogu. Posvetili so jo leta 1759. Veliki baročni oltar in dva stranska oltarja sta delo neznanega dolenjsko-posavskega mojstra. Manjša stranska oltarja je naredil domači podobar Jernej Jereb. Na banjastem stropu so freske, ki jih je poslikal italijanski mojster Domenico Fabris. Friderik Baraga, ki je bil v Metliki kaplan, je pri Josipu Egartnerju naročil križev pot, ga plačal in lastnoročno obesil. Leta 1268 je bila župnija inkorporirana križniškemu redu, od leta 1735 pa je v Metliki sedež proštije.

V sklopu župnije je 11 cerkva: Metlika (farna cerkev sv. Nikolaja, sv. Rok s pokopališčem, sv. Martin z bogato okrašenimi renesančnimi nagrobniki plemiške družine Burgstall), Rosalnice (Tri fare), Božakovo (sv. Marija Magdalena), Drašiči (sv. Peter), Vidošiči (sv. Ana), Slamna vas (sv. Križ), Grabrovec (sv. Urban), Trnovec (sv. Anton Padovanski), Lokvica (sv. Janez).